【2025年版】長崎県のシステム開発会社おすすめ5選｜補助金・助成金・契約・費用・選び方まで完全ガイド
この記事でわかること（要点サマリー）
- システム開発の基本と流れ：要件定義→設計→開発→テスト→運用・保守
- 発注前の注意点：目的とKPIの明確化、RFP（提案依頼書）作成、見積の比較軸
- 使える公的支援：長崎県・長崎市のデジタル支援補助金、国のIT導入補助金/省力化投資補助金、人材育成系助成金の活用法
- 契約・費用のリアル：請負/準委任の違い、著作権・検収条項、概算費用感の目安
- 選定ポイント：技術・実績・体制・ガバナンス・保守性でチェック
- 長崎県のおすすめ5社：地場に根ざした信頼企業を厳選し、得意領域・向いている案件像を解説
- 掲載依頼の方法：記事への掲載をご希望の方向けの記載要領
1. システム開発とは？——目的達成のための“仕組みづくり”
システム開発は、業務やサービスの課題をソフトウェアで解決するための設計・実装・運用のプロセスです。一般的な流れは次のとおり。
- 要件定義：ビジネス目標、KPI、使い手の業務フロー、データ要件を言語化
- 基本/詳細設計：画面・API・DB・権限・セキュリティ・監視まで設計
- 実装/単体・結合テスト：品質基準（例：バグ密度、テスト網羅率）の合意が鍵
- 受入テスト（UAT）/リリース：実運用データに近い条件で検証
- 運用・保守：監視、障害対応、法改正・インボイス対応などの継続改善
実務で効く“最小構成”のゴール設計サンプル
- ビジネスKPI：受注処理工数を半年で30%削減
- ユーザーKPI：現場入力の日次完了率95%
- 品質KPI：致命的障害（P1）月0件、P2月1件以内
- 納期KPI：β版T0+10週、本番T0+16週
2. 発注時に気を付けること——“要件の言語化”が8割
チェックリスト（抜け漏れなく準備しましょう）
- 背景/課題：現状の業務手順・時間・リスクを具体化
- 対象範囲（スコープ）：機能一覧、対象部門、対象データ
- 優先度：MUST/SHOULD/WANTを3段階に振り分け
- 非機能要件：性能（例：応答<2秒）、同時接続数、SLA、可用性、監視
- データ/連携：既存マスタの粒度、API仕様、取り込み頻度
- セキュリティ：認証方式（SSO/多要素）、権限、ログ、脆弱性基準（OWASP）
- 移行計画：データクリーニング、凍結期間、並行運用の可否
- 体制：社内の決裁・レビュー体制、鍵人材の稼働確保
- 予算/納期の制約：上限、マイルストーン
- 運用/保守：一次/二次対応、変更申請フロー、KPIレビュー頻度
RFP（提案依頼書）超要約テンプレ
- 目的・背景／達成したいKPI
- 要件（機能/非機能）・優先度
- 想定ユーザー数・データ量
- 既存システム・連携IF
- スケジュール・検収条件
- 体制要件（PM配置、セキュリティ資格 等）
- 提案フォーマット（価格内訳・WBS・リスク・保守費）
- 評価観点（技術力30、実績25、体制20、価格20、提案力5 など）
3. 長崎県で使える補助金・助成金——最新の公的支援まとめ
3-1. 県の支援：長崎県デジタル力向上支援事業費補助金
- 補助率：2/3以内
- 上限額：100万円以内
- 対象：県内に主たる事業所を有する中小企業等（要件あり）
- 内容：デジタル人材育成（講座受講・資格取得）とIT機器・デジタルツール導入を支援
- 募集期限（2025年度）：2025年9月30日（火） まで延長（到着順審査）
※最新要項・延長情報は県公式告知をご確認ください。
3-2. 市の支援：長崎市 伴走型DX化支援費補助金
- 補助率：1/2
- 上限額：50万円
- 対象業種：製造業、設備工事業、機械設計業、商品・非破壊検査業
- 対象経費：DX専門家の相談・アドバイス等（※システムや機器の導入費は対象外）
- 受付期間（2025年度）：2025年6月2日〜9月30日（予算枠消化で終了）
3-3. 佐世保市の技術系支援：中小企業創造的技術開発支援事業
- 補助率：1/2
- 補助限度額：企画調査50万円、研究開発100万円、小規模企業者支援事業50万円
- 期間：2025年4月1日〜2026年2月28日（交付決定は審査会後）
※DX・システム化に直結するR&DやPoCの資金源としても検討可能です。
3-4. 国の補助金（全国）
- IT導入補助金2025：中小企業のSaaS/業務ソフト導入を補助。各類型の公募要領は2025年6月17日更新。インボイス・電子取引・セキュリティ枠等があり、ITツール登録済みが前提です。
- 中小企業省力化投資補助金（一般型）：設備導入・システム構築など現場の省人化・自動化投資を支援。第3回公募が2025年6月27日公開。公式ポータルで手引き・様式公開。
3-5. 助成金（人材系・雇用系）
- 人材開発支援助成金：従業員の職業訓練に対し、訓練経費や賃金の一部を助成。DX/IT研修の資金化に有効。
- キャリアアップ助成金：非正規から正社員化など働き方の改善で支給。開発体制の安定化・定着に寄与します。
申請のコツ
- 事業目的とKPI（生産性向上・売上増・時間削減） を定量で示す
- 見積書や契約方法は補助制度に適合（ツール登録・見積徴取数）しているか確認
- スケジュール逆算（公募締切→審査→交付決定→着手）を厳守
- 市と県・国の重複は不可が多いので要件を精査
4. 契約について——“請負”か“準委任”か、検収と著作権をどう守るか
契約形態の基本
- 請負契約：納品物に対する成果責任。固定価格になりやすいが、仕様凍結と検収条件が明確であることが前提。
- 準委任（ラボ/SES）：作業提供に対する責任。要件が流動的なアジャイルや探索的開発に向く。スプリント単位での成果物確認・バーンダウン管理が鍵。
必須チェック（条項サンプル）
- 検収：「受入テスト完了後◯営業日以内に検収。未回答は合格とみなす」
- 瑕疵担保/保守：「検収後◯ヶ月は無償改修。仕様変更は別途見積」
- 著作権/使用許諾：「ソースコード・設計書の著作権は甲に譲渡。ただしベースコンポーネントは乙に留保し、甲に非独占・無期限ライセンス」
- 再委託：「再委託は事前承諾。個人情報を扱う工程の再委託は禁止/制限」
- セキュリティ：「脆弱性基準（例：高危険度はリリース不可）、ログ保全◯年、外部接続制限」
- 個人情報：「委託先は個人情報取扱いに関する覚書を締結」
- 障害/災害：「RTO/RPOの定義、DR訓練、SLA違反のペナルティ」
5. 費用について——目的から逆算する“妥当な投資額”
下記はあくまで目安。要件・連携・UI/UX・セキュリティ・法対応で上下します。
- 業務Webシステム（部門利用・標準UI）：300〜1,200万円
- 全社横断の基幹系（会計/販売/在庫, 既存連携多数）：2,000〜8,000万円
- モバイルアプリ（iOS/Android, API込み）：600〜2,500万円
- ダッシュボード/BI（データ整備含む）：400〜1,500万円
- 生成AI/画像認識のPoC→小規模本番：300〜2,000万円
- 運用保守：月額システム初期費の10〜20% が目安（監視/改善含む）
見積の比較軸：人月単価だけでなく、WBS/テスト工数/移行・教育/運用を合算で評価。TCO（3〜5年）で判断しましょう。
6. システム開発会社の選定ポイント——“長く付き合える相棒”を見抜く
- 実績の近さ：同業界・同規模・同アーキテクチャの成功事例
- 技術基盤：クラウド（AWS/Azure/GCP）、IaC、CI/CD、脆弱性対応の運用習熟
- 体制の透明性：PM/TechLead/QA/運用の役割が明確か、専任率
- 品質保証：レビュー、静的解析、E2Eテスト、自動化率
- セキュリティ・認証：ISMS/プライバシーマーク、情報セキュリティ方針
- 保守性：ドキュメント整備、コード規約、引継ぎの仕組み
- コミュニケーション：議事録・課題管理・変更管理の回し方
- 見積の根拠：WBSと前提の明確さ、リスク費の扱い
- ガバナンス：再委託ポリシー、個人情報・秘密保持の体制
- 地域密着力：現地対応、自治体案件の知見（長崎では重要）
7. 【編集部厳選】長崎県のおすすめシステム開発会社5社
選定基準：県内拠点の有無、事業継続性、得意領域の明確さ、公的/民間の実績、情報の信頼性（一次情報）。五十音順ではありません。
PR. 株式会社greeden（大阪市北区）｜日本品質×オフショアの“ハイブリッド”で最適解を実装
- Web・アプリ開発に強み。フルスクラッチ～SES まで柔軟対応し、国内で詳細設計→ベトナムで開発するハイブリッド体制で、高品質とコスト最適化を両立。WebアクセシビリティSaaS「UUU」も自社提供。
- 実績・事例：自治体のプレミアム付商品券 給付金事業 、宿泊予約サイト、サブスク型動画配信メディア、行政の移住定住プロモーション（阪南市） など、B2C〜公共領域まで幅広く支援。
- 個人情報は国内で厳格管理し、オフショア側からはアクセス不可とする運用で安心。
- こんなニーズに：①エンジニア不足の解消（外部リソースの活用ニーズにも通じる体制）②コストを抑えつつ品質担保したい③会員制・決済・予約・配信など“運用が効く”Webサービスを構築したい④Webアクセシビリティ導入をローコストで進めたい。
7-1. NDKCOM（株式会社NDKCOM）｜自治体・業務システムに強い地場大手
- 所在地：長崎市平野町4-26
- 得意領域：総合行政情報システム、RPA導入支援、データ入力/BPO、社内DX支援 ほか
- 特徴：地域の自治体・企業向けに幅広く提供。BPOと開発の両輪で“現場”に根ざした改善を提案できる点が魅力。
- 向いている案件：自治体/公共系、紙業務のデジタル化、RPA×運用改善の同時推進
（企業情報・サービス紹介より要約）
7-2. NBC情報システム株式会社｜NECグループ連携×地域密着の総合力
- 所在地：長崎市尾上町5-6（NBCビル）
- 得意領域：自治体/医療/民間向けSI、インフラ構築・保守、セキュリティ、クラウド、アウトソーシング
- 特徴：NBC長崎放送グループ、NEC情報サービス事業グループに所属。品質方針とISMS等の認証を掲げ、長期運用まで面倒を見る体制。
- 向いている案件：大規模更改、オンプレ→クラウド移行、基盤〜アプリ一気通貫
（会社概要・企業情報より要約）
7-3. 株式会社ディーエスブランド（DS BRAND）｜SaaS/WEB × 全国展開
- 所在地：長崎市旭町6-1 タワーシティ長崎
- 得意領域：SaaS・WEBサービス企画/開発、セミナー・パートナーネットワークによる全国支援
- 特徴：プロダクト×導入支援の実績が豊富。販路と運用サポートを重視した体制で、中小企業のデジタル基盤に強い。
- 向いている案件：短期導入、全国多拠点ロールアウト、SaaS連携前提のローコストDX
（会社概要・企業情報より要約）
7-4. システムファイブ株式会社｜製造/医療/農業×IoT・業務系
- 所在地：長崎市葉山1丁目
- 得意領域：IoT導入支援、製造・医療・農業の業務システム、介護向け見守り 「すいすいケア」
- 特徴：現場導入に強い提案型。ものづくり現場の自動化から医療・介護の実務に密着したソリューションまで幅広い。
- 向いている案件：IoT/センサー連携、現場定着重視の業務システム、介護施設向けプロダクト導入
（会社情報・製品ページより要約）
7-5. 株式会社エス・ティー・エヌ（STN）｜組込み×物流×クラウドの実装力
- 所在地：諫早市貝津町1726-5
- 得意領域：車載ECU等の組込み、物流ソリューション、クラウド、ニアショア受託
- 特徴：組込み×業務系×クラウドの三位一体。自動化/省力化やBIなど、工場・倉庫のDXにも強み。県内公的機関とも連携し、技術開発に前向き。
- 向いている案件：製造/物流の現場最適化、カメラ・センサー連携、クラウド活用PoC→量産
（会社プロフィール/採用情報等より要約）
会社選びのワンポイント
同じ「販売管理システム」でも、在庫規模/拠点数/帳票運用が違えば設計は一変します。“似た規模・似た業態の事例” を必ず見せてもらい、デモ環境で操作性を体感しましょう。
8. 具体サンプルで学ぶ：要件・見積・スケジュールの書き方
8-1. 要件一覧（抜粋サンプル）
| 区分 | 機能 | 詳細 | 優先 | 受入基準 |
|---|---|---|---|---|
| 受注 | 受注登録 | CSV/手入力、重複チェック | MUST | 1,000件/日で応答<2秒 |
| 在庫 | 引当 | ロット/期限、戻入対応 | SHOULD | 誤差率0.5%以内 |
| 帳票 | 納品書 | PDF電子発行、印影 | MUST | レイアウト合致 |
| 連携 | 会計IF | 仕訳出力（勘定科目マスタ） | MUST | 月次締めT+1営業日 |
8-2. 見積内訳（抜粋サンプル）
- 要件定義 80h／設計 120h／実装 300h／UT 120h／IT 120h／移行 60h／教育 16h／PM 120h／QA 60h
- 単価：SE 9,000円/h、PG 6,500円/h、PM 12,000円/h
- 総額（税抜）：約690万円＋クラウド利用料実費
8-3. スケジュール（ウォーターフォール例）
- W1–W4 要件定義 → W5–W8 設計 → W9–W16 実装/UT → W17–W20 結合/性能/セキュリティ → W21–W22 UAT → W23 リリース
- ゲート：要件凍結、設計レビュー、性能合格（P95<2秒）、脆弱性（High=0）
9. 掲載依頼はこちらから（編集部受付のご案内）
本記事への掲載・追記のご依頼は、
- 貴社名／所在地／Webサイト
- 得意領域（3つまで）
- 代表的実績（業界・規模・技術）
- 担当者名／ご連絡先
を明記のうえ、当編集部の問い合わせ窓口までお寄せください。審査の上、アップデートに反映いたします（有償掲載は一切ありません）。
10. だれの役に立つ？——対象読者と期待できる効果（詳細）
対象読者（具体）
- 県内中小企業の経営者/情報システム担当：製造、卸・小売、物流、医療・介護、観光・宿泊、建設
- 自治体/外郭団体のDX担当：住民サービス・内部事務のデジタル化、BPR、データ連携
- スタートアップ/新規事業担当：MVP開発、PoC資金（補助金/助成金）活用
- 教育・医療機関の情報部門：セキュリティ・個人情報保護と現場定着の両立
期待される効果
- 最短経路でのベンダ選定（要件と実績の近さでミスマッチ低減）
- 公的支援の活用最大化（県・市・国の最新制度を俯瞰）
- 契約/検収トラブルの予防（条項のひな形と合意ポイント）
- 投資対効果の可視化（KPIとTCOで意思決定を後押し）
11. まとめ——“長崎ならでは”の現場解決と支援制度を味方に
- 現場定着を起点に、目的→要件→契約→受入→保守の一連をKPIでつなぐ
- 県・市の補助金と国の制度を組み合わせ、初期負担を最小化
- 地域に根差した5社を軸に、似た事例×体制×保守性で比較
- 契約条項と変更管理で“炎上しない”プロジェクト運営を
長崎のDXは、地場の現場知と軽やかな実装力が強みです。今日の一歩（KPIの言語化・RFPの下書き）から、はじめてみませんか？わたしも、最後までご一緒しますね。
参考・出典（主要な一次情報）
- 長崎県 デジタル力向上支援事業費補助金（2025年度/延長告知・要項関連）：補助率2/3、上限100万円、受付延長の周知。
- 長崎市 伴走型DX化支援費補助金（募集要項2025年6月）：上限50万円、1/2補助、対象経費/期間。
- 佐世保市 中小企業創造的技術開発支援事業（2025年度）：補助率1/2、上限（50/100万円）。
- IT導入補助金2025：ポータル/公募要領更新。
- 中小企業省力化投資補助金（一般型）：第3回公募開始・公式ポータル。
- 人材開発支援助成金（制度概要・様式）/ キャリアアップ助成金（雇用系支援）。
- 県の産業支援制度一覧（2025年度）：制度横断のリスト。
- 企業情報（一次情報）：NDKCOM／NBC情報システム／ディーエスブランド／システムファイブ／エス・ティー・エヌ。